Diagnóstico de las infecciones bacterianas

Obtención de muestras y tipo de material

1. Momento para tomar las muestras. Hay que tomar las muestras en la fase aguda de la infección, antes de comenzar el tratamiento antibacteriano. Si el paciente ya está recibiendo tratamiento, indicar en el volante el fármaco y el tiempo de tratamiento. Tomar la muestra justo antes de administrar la siguiente dosis del fármaco.

2. Tipo, método de obtención y transporte de muestrastabla 1-1.

Tabla 1-1. Tipo de muestras clínicas, recomendaciones de obtención y de transporte para estudio microbiológico

Localización de la infección y tipo de muestra

Medio de transporte

Preparación del paciente

Instrucciones para la obtención

Transporte al laboratorio

Comentario

Abscesos superficiales (herida, úlcera, forúnculo)

pus

Con un medio de transporte

Limpiar la zona de obtención con NaCl estéril al 0,9 % y la zona de alrededor con alcohol al 70 %

Frotis: tomar muestra de las zonas más profundas de la lesión

En 24 h a una temperatura ambiente

En caso de sospechar flora mixta (grampositiva y gramnegativa) usar medio de cultivo Columbia o agar con colistina y ácido nalidíxico

Abscesos profundos

pus, tejido

Contenedor para anaerobios

Limpiar la zona de extracción con NaCl estéril al 0,9 % y alcohol al 70 %

Aspirar el material u obtener tejido de los bordes de la lesión

En 24 h a temperatura ambiente

Enjuagar los cortes y emulsionar en el suero fisiológico

Sangre, médula ósea

Medio líquido para hemocultivo (para aerobios y anaerobios)

Desinfectar la zona de extracción con alcohol al 70 % y con agente yodado

Tomar dos muestras de sangre de 5-10 ml de dos accesos venosos en extremidades diferentes durante un pico febril. Emplear sistemas cerrados como los sistemas Vacutainer. No obtener las muestras del catéter intravascular a no ser que se sospeche infección asociada al catéter

En 2 h a temperatura ambiente. Si se demora la entrega, incubar a 37o C

Tomar las muestras antes de administrar el antibiótico; realizar el frotis con tinción de Gram; avisar en caso de sospechar infección atípica, p. ej. brucelosis, tularemia, tuberculosis, leptospirosis

Fluidos corporales Bilis, líquido sinovial, pericárdico, peritoneal, amniótico, pleural

Estéril, con cierre de rosca, para los anaerobios

Antes de aspirar la muestra desinfectar la piel con alcohol al 70 % y un agente yodado

Tomar la muestra con aguja para punciones o para biopsias aspirativas

Inmediatamente, a una temperatura ambiente

Se pueden requerir centrifugación, filtración, tinción

Líquido cefalorraquídeo

Estéril, con cierre de rosca (calentado hasta 37° C) con un medio de transporte y enriquecimiento (calentado hasta 37° C)

Desinfectar la piel antes de la punción

Si se sospecha tuberculosis, tomar 5-10 ml de líquido

Inmediatamente, a temperatura ambiente. Si se demora la entrega incubar a 37oC

Considerar la realización de aglutinaciones (N. meningitidis, S. pneumoniae, H. influenzae tipo b, Cryptococcus neoformans); tinción de gram y con tinta (Cryptococcus)

Oído medio

Punción

Estéril, con cierre de rosca o medio de transporte para anaerobios

Lavar el conducto auditivo externo con una solución diluida de jabón

Aspirar la muestra con una jeringa, usar un hisopo para tomar el material de la membrana timpánica rota

Inmediatamente, a temperatura ambiente

Cultivo para la flora aerobia y anaerobia

Oído externo

Frotis

Medio de transporte para aerobios

Lavar la piel con NaCl estéril al 0,9 %

Frotis: tomar la muestra del conducto auditivo externo

En 24 h, a temperatura ambiente

Conjuntiva

Frotis ordinario

Medio de transporte para aerobios

Tomar la muestra de los dos ojos con dos hisopos humedecidos en NaCl estéril al 0,9 %

En 24 h, a temperatura ambiente

Pruebas orientadas para detectar Chlamydia trachomatis

Córnea

Frotis, raspados

Medios de cultivo: agar sangre, agar chocolate, agar Sabouraud, agar 7H10

Anestesia local antes de tomar la muestra

Cultivo directo

Inmediatamente, a temperatura ambiente

Pruebas orientadas para detectar Chlamydia trachomatis

Catéteres, prótesis, válvulas artificiales

Estéril, con cierre de rosca

Tomar la muestra con un instrumento estéril

En 12 h

Catéteres intravasculares: cultivo semicuantitativo por rodar sobre la superficie de la placa

Muestra de la mucosa gástrica

Estéril, con cierre de rosca

Gastroscopia

Inmediatamente, a una temperatura de 4°C

H. pylori; el cultivo debe ser inmediato, preparación directa

Heces

Contenedor limpio y seco, con medio de transporte

Si se sospechan bacterias vulnerables, colocar la muestra en el contenedor justo después de ponerla en el medio de transporte, en caso de las bacterias sensibles

En 24 h, a 4°C

Rutinariamente para Salmonella, Shigella; pruebas orientadas para detectar Campylobacter, Vibrio, Aeromonas, Plesiomonas, Yersinia, E. coli o157:h7 (EHEC)

Uretra

Secreción

hisopo húmedo, medio de transporte

Obtener la secreción de la salida de la uretra

Obtener la secreción tras frotar la pared de la uretra o situando un hisopo en la uretra a una profundidad de 2-4 cm y rotándolo durante 2 s

En 24 h, a temperatura ambiente

Recogida especial de la muestra para detectar Chlamydia, Mycoplasma

Uretra

Frotis

Medio de transporte

Con un hisopo (véase más arriba)

En 24 h, a temperatura ambiente

Véase más arriba; a veces está indicado realizar un previo masaje prostático al tacto rectal

Próstata

Secreción

Medio de transporte o contenedor estéril

Lavar el glande con agua y jabón

Tomar la secreción con un hisopo o un asa y depositar en el contenedor

En medio de transporte enviar en 24 h a temperatura ambiente; en contenedor enviar inmediatamente a temperatura ambiente

Véase más arriba

Orina

Estéril, con cierre de rosca (antes de enviar al laboratorio se puede sembrar en medio de cultivo UromediumUricult)

M: lavar la piel con agua y jabón, abrir los labios genitales;

H: Lavar el glande con agua y jabón, retraer el prepucio

Tomar unos ml del chorro medio

En 4 h, a una temperatura de 4°C (si está sembrado en medio UromediumUricult a temperatura ambiente en 24 h)

Cultivo cualitativo y cuantitativo

Cateterización

Estéril, con cierre de rosca

Lavar la salida de uretra con agua y jabón

Introducir el catéter en la vejiga, rechazar los primeros 15 ml, recoger la orina

Véase más arriba

Véase más arriba

Punción suprapúbica

Estéril, con cierre de rosca

Desinfectar la piel en el sitio de la punción

Tomar la muestra con una aguja a través de los tegumentos abdominales con la vejiga llena

Inmediatamente, a temperatura ambiente

Véase más arriba

Vías respiratorias

Lavado bronquial o broncoalveolar, muestras de tejidos

Estéril, con cierre de rosca

En 24 h a temperatura ambiente (con medio de transporte) o en 3 h sin medio

Cultivo de los lavados orientado a anaerobios solo en caso de tomar la muestra con catéter; pruebas orientadas importantes: Legionella, Nocardia, micobacterias, y también Pneumocystis, CMV

Broncoaspirado

Estéril, con cierre de rosca

Cepillado protegido

Véase más arriba

Véase más arriba

Esputo, secreción bronquial

Estéril, con cierre de rosca

Esputo: enjuagar la boca con agua antes de tomar la muestra; hay que instruir el paciente sobre la diferencia entre esputo y saliva

Se obtiene la muestra expectorando; evaluar la muestra macroscópicamente y microscópicamente

Véase más arriba

Véase más arriba

Nariz, faringe

Frotis

Medio de transporte

Introducir un hisopo flexible a través de la nariz hasta la cavidad nasofaríngea y rotar durante 5 s; es una muestra adecuada para B. Pertussis

En 24 h, a temperatura ambiente

Líneas de análisis importantes (otros métodos de obtención): C. diphteriae, B. pertussis, ChlamydiaMycoplasma

Faringe

Frotis

Medio de transporte

Tomar la muestra de la pared posterior de la faringe y de las amígdalas

En 24 h, a temperatura ambiente

Líneas de análisis importantes: S. Pyogenes (estreptococos del grupo a), C. diphteriaeN. gonorrhoeae

Senos paranasales

Secreción

Estéril, con cierre de rosca o con medio de transporte para los anaerobios

Puncionar el seno, aspirar el material con una jeringa

Inmediatamente, a temperatura ambiente

Cultivo para anaerobios y aerobios

Huesos

Estéril, con cierre de rosca

Desinfectar la piel antes de la intervención quirúrgica

Tomar la muestra del sitio infectado

Inmediatamente, a temperatura ambiente

Se puede requerir la homogeneización

Tejidos

Medio de transporte para anaerobios o contenedor estéril

Desinfectar la piel

No permitir que la muestra se seque; si no hay sangre, mojar con NaCl estéril al 0,9 %

En 24 h, a temperatura ambiente

Se puede requerir la homogeneización

1) frotis de membranas mucosas y de zonas inflamadas: utilizar un hisopo y enviarlo al laboratorio en un tubo con medio de transporte o con líquido conservante; opcionalmente en un tubo seco y estéril

2) fluidos corporales (exudado, pus, líquido cefalorraquídeo, sangre, líquido peritoneal): recoger con una jeringuilla. Disponer las muestras en tubos estériles de cierre hermético o inyectar las muestras directamente en frascos con medio de cultivo ya preparados. Antes de tomar la muestra hay que desinfectar cuidadosamente la superficie de punción. La muestra de líquido peritoneal debe tener un volumen de 10-15 ml. Cuando hay sospecha de infección por bacterias anaerobias, hay que inyectar también 5-10 ml del líquido peritoneal en medio de transporte para anaerobios. Las muestras de <1 ml no son útiles. Guardar las muestras líquidas a una temperatura de 37°C (en una incubadora) y transportarlo al laboratorio a temperatura ambiente en no más de 15 min

3) heces (en casos de diarrea aguda tomar la muestra en los 3 primeros días de la enfermedad. En caso de resultado negativo, recoger 3 muestras en 24 h. En casa, el paciente debe defecar en un contenedor ancho (p. ej. en un orinal), bien limpio, lavado con agua hervida; y en el hospital directamente en una cuña estéril. No se pueden contaminar las heces con agua del váter ni con orina. Con una espátula sujeta a la tapadera de un contenedor de transporte estéril recoger una muestra de heces del tamaño de una nuez, o en caso de heces líquidas, de unos 2-3 ml. Transportar las muestras inmediatamente al laboratorio microbiológico, especialmente si hay sospecha de infección por bacilos del género Shigella o Yersinia. En otros casos hay que poner la muestra en un medio de transporte (medio de Cary Blair) y guardar como máximo 24 h a 4°C en frigorífico. Si se sospecha cólera → para el transporte de la muestra utilizar un medio especial para los Vibrio cholerae (agua peptonada alcalina). Si se buscan bacterias del género Vibrio, Yersinia, Aeromonas, Campylobacter o cepas de E. coli enterohemorrágica (EHEC) → informar previamente al laboratorio. Se pueden congelar muestras de orina para estudio de la toxina de C. difficile

4) frotis anal (solo cuando no se puede obtener muestra de heces). Introducir el extremo de un hisopo estéril a través del esfínter externo y, realizando rotaciones, tomar la muestra y cologarla en un medio de transporte adecuado (p. ej. en el de Cary Blair). Momento de obtención de muestras en diarrea aguda y las normas de transporte →más arriba.

5) orinatabla 1-1

6) muestras de tejidos: enviar en contenedores estériles con cierre hermético sin líquidos conservantes.

Transportar siempre las muestras en el menor tiempo posible. En caso contrario deben ser enviadas en medios de transporte solos o enriquecidos. Durante el transporte es importante observar la temperatura a la que se guarda la muestra →tabla 1-1.

Métodos de identificación de bacterias

1. Examen microscópico: es el principal método de diagnóstico para detectar los microorganismos en muestras de tejidos teñidos (p. ej. Helicobacter pylori, Mycobacterium tuberculosis). Útil para una evaluación inicial en muestras que requieren un examen muy rápido (p. ej. una identificación inicial de las bacterias en los fluidos corporales y en el pus). Las muestras directas son también útiles en la evaluación inicial de los microorganismos de crecimiento lento (p. ej. tuberculosis o para actinomicosis o para microorganismos que no crecen in vitro). El tiempo necesario hasta obtener el resultado es de 2-8 h.

2. Cultivo, aislamiento, identificación y evaluación de la sensibilidad a los antibióticos: el tiempo de una prueba microbiológica rutinaria (aislamiento, identificación y antibiograma) en caso de bacterias de crecimiento rápido es de 24-27 h, y en las de crecimiento lento de 4-14 días.

3. Detección de los antígenos: se utilizan métodos serológicos como la aglutinación indirecta de glóbulos o de partículas de látex, inmunofluorescencia y enzimoinmunoanálisis. Tiene la ventaja de la rapidez en obtener los resultados. Su inconveniente es la limitada capacidad de detección. Estos métodos son más eficaces en caso de diagnóstico especifico (p. ej. antígenos de Chlamydia, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae tipo b).

4. Técnicas moleculares: detección, usando sonda genética específica de un ácido nucleico homólogo a la sonda (hibridación, RCP, RT-RCP). Ventajas: la identificación del ácido nucleico de un microorganismo es el criterio de identificación más seguro. El resultado se obtiene en pocas horas y hay posibilidad de detectar los genes de resistencia. Desventajas: poco disponibles, no pueden ser usados para el diagnóstico de una gran variedad de microorganismos, son costosos, no permiten comprobar si el material genético detectado proviene de un patógeno vivo o muerto o si se trata de una contaminación. Para muchos patógenos no hay disponibles pruebas comerciales adecuadas.

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