Рост числа случаев инфицирования новым вариантом SARS-CoV-2 в Великобритании. Информация ECDC

Дата: 1 февраля 2021
Автор: Weronika Rymer
Дополнительная информация

В Великобритании с помощью методов секвенирования был идентифицирован новый вариант SARS-CoV-2, который имеет множественные мутации гликопротеина S (мутации «шипов», посредством которых вирус прикрепляется к клетке). Он был идентифицирован как SARS-CoV-2 VUI 202012/01 (Variant Under Investigation, 2020 год, месяц 12, вариант 01). Первоначальный анализ показывает, что он более легко передается, чем варианты, которые распространялись до сих пор. 

За последние несколько недель в Великобритании наблюдается резкий рост числа случаев заболеваний COVID-19. Это стало поводом для поиска эпидемиологических или вирусологических причин. На основе генетических исследований был выявлен единичный кластер инфекций с новым вариантом вируса. В Великобритании 5–10 % случаев COVID-19 регулярно секвенируются. К 13 декабря 2020 года было выявлено 1108 человек, инфицированных новым вариантом, а первый зарегистрированный случай датирован 20 сентября 2020 года. Большинство инфекций было выявлено в графстве Кент и Юго-Восточной Англии (включая Лондон и восток Англии), но отдельные случаи также были выявлены в других регионах Великобритании, а также в других странах (Дания, Нидерланды, Австралия, Бельгия). Однако в большинстве стран ЕС/ЕЭЗ секвенирование вируса проводится реже, чем в Великобритании, поэтому нельзя исключать, что он также встречается чаще за пределами Великобритании.

Филогенетический анализ показал, что существует всего несколько промежуточных форм между новым вариантом SARS-CoV-2 и другими циркулирующими вариантами из базы GISAID. Необычно большое количество мутаций в белках-шипах в вирусной оболочке, а также другие геномные свойства нового варианта вируса позволяют предположить, что он не возник в результате постепенного накопления мутаций в Великобритании. Также маловероятно, что он возник в результате селективного давления со стороны текущих программ вакцинации, поскольку наблюдаемое увеличение не соответствует срокам принятия таких мер. Одно из возможных объяснений появления этого варианта — длительная инфекция SARS-CoV-2 у одного пациента, возможно, с ослабленным иммунитетом. Такая длительная инфекция может привести к накоплению мутаций, возникающих в результате того, что вирус избегает давления ослабленной иммунной системы. Другое возможное объяснение может заключаться в адаптационных процессах вируса, который присутствует у различных восприимчивых к инфекции видов животных, а затем передается обратно людям от животных-хозяев. Это привело к появлению вариантов вируса с множественными мутациями белка шипов в Дании и Нидерландах, где норка была животным-хозяином. Однако для варианта, идентифицированного в Великобритании, и ECDC, и региональное бюро ВОЗ подтверждают отсутствие эпидемиологических данных, указывающих на такую причину. Также возможно, что новый вариант распространился в странах, где секвенирование генома SARS-CoV-2 либо не проводится, либо проводится редко. Однако это предположение маловероятно. Это подтверждается следующими фактами:

1. случайные мутации, приобретенные вирусом, не объясняют чрезвычайно высокий процент мутаций шипов,

2. отсутствие обнаружения промежуточных вариантов во время накопления мутаций, которое в естественных условиях должно длиться около 10 месяцев согласно молекулярным часам,

3. модели международных поездок также не подтверждают этого. Вариант вируса с одной из мутаций, обнаруженных в SARS-CoV-2 VUI 202012/01 (мутация N501Y белка шипа), был выявлен в Южной Африке в октябре 2020 года, но эволюционно эти вирусы не имеют близкого родства.

Некоторые из обнаруженных мутаций связаны с местом связывания рецептора и другими поверхностными структурами, которые могут изменять антигенные свойства вируса. Учитывая большое количество и локализацию мутаций белка шипов, вполне вероятно, что может произойти некоторое снижение нейтрализующего эффекта антител, но пока доказательства этого отсутствуют. Также нет свидетельств того, что выявленные мутации в этих структурах повлияли на большее количество реинфекций или снижение эффективности вакцины. К настоящему времени снижение уровня нейтрализации антителами в сыворотке реконвалесцентов было обнаружено в широком диапазоне вариантов мутаций с неизвестным клиническим воздействием. В новом варианте SARS-CoV-2 также была обнаружена делеция 69–70, что привело к невозможности обнаружения последовательности гена S в исследовании ОТ-ПЦР (ложноотрицательный результат). Однако из-за высокой вариабельности этой области определение гена S в настоящее время очень редко используется при диагностике инфекции SARS-CoV-2 (а даже не рекомендуется).

Неизвестно, повлияет ли появление нового варианта на увеличение частоты реинфекций или эффективность вакцинации. Для нового варианта нет фенотипических данных и нет данных о способности антител, индуцированных разработанными вакцинами, нейтрализовать этот вариант. Новый вариант вируса демонстрирует несколько мутаций в белке шипов, в том числе в месте связывания рецептора. Большинство новых вакцин-кандидатов основано на секвенции белка шипов, поэтому важно отслеживать изменения в циркулирующих штаммах SARS-CoV-2 и оценивать возможные антигенные изменения относительно снижения эффективности вакцинаций. Антигенная характеристика нового варианта продолжается, и результаты ожидаются в ближайшие недели. Будет важно отслеживать региональную эффективность вакцин против COVID-19, включая подробные оценки для отдельных вариантов вируса. Надзор за неэффективностью вакцинаций в отношении эпидемиологических данных о циркуляции варианта вируса в данной популяции также может помочь понять, влияет ли это на эффективность вакцины.

Учитывая, что в настоящее время нет доказательств того, что новый вариант вируса широко распространен и что его встречаемость ограничена несколькими странами или регионами, своевременные меры по предотвращению и контролю распространения варианта SARS CoV-2 VUI 202012/01 должны отражать те эффективные действия, которые были предприняты на раннем этапе эпидемии, включая отказ от менее значимых поездок в и из районов, охваченных заболеванием, а также увеличение количества выполняемых тестов, отслеживание контактов и изоляцию подтвержденных эпидемиологически связанных случаев. Также рекомендуется, если возможно, секвенировать изоляты вируса в случаях выявления инфекции.

ECDC в сотрудничестве со странами-членами ЕС/ЕЭЗ продолжит мониторинг и будет информировать о пораженных новым вариантом SARS-CoV-2 территориях.

Генетическая эволюция SARS-CoV-2 может повлиять на его антигенные свойства, способность к передаче или вирулентность. Поэтому ECDC подчеркивает важность мониторинга изменений в вирусном геноме путем секвенирования изолятов вируса и оценки необходимости в том, чтобы государства-члены ЕС/ЕЭЗ адаптировали свою реакцию на обнаруженные изменения, особенно в отношении общественного здравоохранения.

Некоторые рекомендации ECDC для национальных учреждений общественного здравоохранения

- Следует немедленно идентифицировать лица, имеющие эпидемиологическую связь с инфицированными новым вариантом SARS-CoV-2 или посетившие районы, в которых, как известно, встречается такой вариант, для их изоляции и отслеживания контактов. Цель состоит в том, чтобы сдержать распространение нового варианта SARS-CoV-2. Выявленный вирусный генетический материал необходимо секвенировать для выявления случаев заражения новым вариантом SARS-CoV-2.

- Следует продолжать призывать население принимать превентивные меры, в частности, избегать поездок и встреч, если это не является крайне необходимым.

- Следует продолжать эпидемиологический мониторинг относительно внезапных изменениях скорости передачи или тяжести течения заболевания.

 - Об обнаружении нового варианта, а также о других новых вариантах, которые могут вызывать беспокойство, следует сообщать через Систему раннего предупреждения и реагирования Европейского Союза.

- Следует отслеживать сообщения о подозрении на повторное заражение SARS-CoV-2 и секвенировать выделенные изоляты.

- Следует продолжать учет случаев неудач лечения плазмой реконвалесцентов или моноклональными антителами и отслеживать внезапные изменения скорости передачи инфекции.

 - За вакцинированными людьми следует внимательно наблюдать на предмет неэффективности вакцинирования. В случае постановки диагноза рекомендуется провести секвенирование изолята и анализ мутантов, определяющих резистентность к вакцинации.

В этом документе ECDC также дает рекомендации для национальных лабораторий, проводящих исследования в интересах общественного здравоохранения.

Партнеры

Используя веб-сайты и мобильные приложения, администратором которых является Практическая Медицина, Вы соглашаетесь использовать файлы cookie, в соответствии с Вашими текущими настройками браузера, а также в соответствии с Политикой Медицины Практической о файлах cookie.