Збільшення кількості випадків інфікування новим варіантом SARS-CoV-2 у Великобританії. Інформація ECDC

Дата: 1 лютого, 2021
Автор: Weronika Rymer
Додаткова інформація

 

У Великобританії за допомогою методів секвенування був ідентифікований новий варіант SARS-CoV-2, який має множинні мутації спайк-білків ("шипів", за допомогою яких вірус прикріплюється до клітини). Він був ідентифікований як SARS-CoV-2 VUI 202012/01 (Variant Under Investigation, 2020 рік, місяць 12, варіант 01). Початковий аналіз вказує на те, що він передається легше, ніж варіанти, які досі циркулювали.

За останні кілька тижнів у Великобританії спостерігається різке зростання числа випадків захворювань COVID-19. Це стало приводом для пошуку епідеміологічних або вірусологічних причин. На основі генетичних досліджень було виявлено поодинокий кластер заражень новим варіантом вірусу. У Великобританії систематично виконують секвенування у 5–10 % випадків COVID-19. До 13 грудня 2020 року було виявлено 1108 осіб, інфікованих новим варіантом, а перший зареєстрований випадок датований 20 вересня 2020 року. Більшість інфекцій було виявлено в графстві Кент і Південно-Східній Англії (включаючи Лондон і схід Англії), але окремі випадки були виявлені теж в інших регіонах Великобританії, а також в інших країнах (Данія, Нідерланди, Австралія, Бельгія). Однак в більшості країн ЄС/ЄЕЗ секвенування вірусу проводиться рідше, ніж у Великобританії, тому не можна виключити, що він також зустрічається частіше за межами Великобританії.

Філогенетичний аналіз показав, що існує всього кілька проміжних форм між новим варіантом SARS-CoV-2 і іншими циркулюючими варіантами з бази GISAID. Незвично велика кількість мутацій в білках-шипах, що знаходяться  в вірусній оболонці, а також інші геномні властивості нового варіанту вірусу дозволяють припустити, що він не виник в результаті поступового накопичення мутацій в Великобританії. Також малоймовірно, що він виник в результаті селективного тиску з боку триваючих програм вакцинації, оскільки збільшення, яке спостерігається, не відповідає графіку проведення таких заходів. Одне з можливих пояснень появи цього варіанту — персистуюча інфекція, спричинена SARS-CoV-2, в окремого пацієнта, ймовірно з ослабленим імунітетом. Така тривала інфекція може призвести до накопичення мутацій, що виникають в результаті того, що вірус уникає натиску ослабленої імунної системи. Інше можливе пояснення може полягати в адаптаційних процесах вірусу, який перебуває у різних сприйнятливих до інфекції видів тварин, а потім передається назад людям від тварин-господарів. Це призвело до появи варіантів вірусу з множинними мутаціями спайкового білка в Данії та Нідерландах, де норка була твариною-господарем. Однак для варіанту, ідентифікованого в Великобританії, і ECDC, і регіональне бюро ВООЗ підтверджують відсутність епідеміологічних даних, що вказують на таку причину. Також можливо, що новий варіант поширювався в країнах, де секвенування геному SARS-CoV-2 або не проводиться, або проводиться рідко. Однак ця гіпотеза малоймовірна. Про це свідчать наступні факти:

1. випадкові мутації вірусу не пояснюють надзвичайно високий відсоток мутацій шипів,

2. відсутність виявлення проміжних варіантів під час накопичення мутацій, яке в природних умовах має тривати близько 10 місяців згідно з молекулярним годинником,

3. моделі міжнародних поїздок також не підтверджують цього. Варіант вірусу з однією з мутацій, підтверджених в SARS-CoV-2 VUI 202012/01 (мутація N501Y спайкового білка), був виявлений в Південній Африці в жовтні 2020 року, проте еволюційно ці віруси не мають близької спорідненості.

Деякі з виявлених мутацій пов'язані з місцем зв'язування рецептора та іншими поверхневими структурами, які можуть змінювати антигенні властивості вірусу. З огляду на велику кількість і локалізацію мутацій спайкових білків цілком ймовірно, що може статися деяке зниження нейтралізуючого ефекту антитіл, але поки докази цього відсутні. Також немає свідчень того, що виявлені мутації в цих структурах вплинули на більшу кількість реінфекцій або зниження ефективності вакцини. До теперішнього часу зниження рівня нейтралізації антитілами в сироватці реконвалесцентів виявлено при широкому діапазоні варіантів мутацій з невідомим клінічним значенням. У новому варіанті SARS-CoV-2 також була виявлена ​​делеція 69–70, яка унеможливлює виявлення послідовності для гена S під час дослідження ЗТ-ПЛР (хибно-негативний результат). Однак через високу варіабельність цієї ділянки визначення гена S у даний час дуже рідко використовується при діагностиці інфекції, спричиненої SARS-CoV-2 (а навіть не рекомендується).

Невідомо, чи вплине поява нового варіанту на збільшення частоти реінфекцій або ефективність вакцинації. Для нового варіанту немає жодних фенотипових даних, а також немає даних про здатність антитіл, індукованих розробленими вакцинами, нейтралізувати цей варіант. Новий варіант вірусу демонструє кілька мутацій в спайковому білку, в тому числі в місці зв'язування рецептора. Більшість нових вакцин-кандидатів базуються на послідовності спайкового білка, тому важливо відстежувати зміни в циркулюючих штамах SARS-CoV-2 і оцінювати потенційні антигенні зміни щодо зниження ефективності вакцинацій. Дослідження антигенної характеристики нового варіанту продовжується, і результати очікуються в найближчі тижні. Буде важливо відстежувати регіональну ефективність вакцин проти COVID-19, включаючи детальні оцінки для окремих варіантів вірусу. Нагляд за неефективністю вакцинацій у кореляції з епідеміологічними даними про циркуляцію варіанту вірусу в даній популяції також може допомогти зрозуміти, чи впливає це на ефективність вакцини.

З огляду на те, що в даний час немає доказів того, що новий варіант вірусу значно поширений і що його зустрічальність обмежена кількома країнами або регіонами, своєчасні заходи щодо запобігання і контролю поширення варіанта SARS CoV-2 VUI 202012/01 повинні віддзеркалювати ті ефективні дії, які були зроблені на ранньому етапі епідемії, включаючи відмову від менш значущих поїздок у райони і з районів, охоплених захворюванням, а також збільшення кількості виконуваних тестів, відстеження контактів та ізоляцію підтверджених, епідеміологічно пов'язаних випадків. Також рекомендується, якщо це можливо, здійснювати секвенування ізолятів вірусу у випадках виявлення інфекції.

ECDC у співпраці з країнами-членами ЄС/ЄЕЗ продовжить моніторинг і інформуватиме про території, уражені новим варіантом SARS-CoV-2.

Генетична еволюція SARS-CoV-2 може вплинути на його антигенні властивості, здатність до передачі або вірулентність. Тому ECDC підкреслює важливість моніторингу змін у вірусному геномі, який здійснюють шляхом секвенування ізолятів вірусу, і проведення оцінки того, наскільки необхідно, щоб держави-члени ЄС / ЄЕЗ адаптували свою реакцію до виявлених змін, особливо в аспекті сфери громадського здоров'я.

Окремі рекомендації ECDC для національних установ громадського здоров'я

- Слід негайно ідентифікувати осіб, які мають епідеміологічний зв'язок з інфікованими новим варіантом SARS-CoV-2 або відвідали райони, в яких, як відомо, зустрічаються інфекції, спричинені таким варіантом, з метою їх ізоляції та відстеження контактів. Мета полягає в тому, щоб зупинити поширення нового варіанту SARS-CoV-2. Виявлений генетичний матеріал вірусу необхідно секвенувати для виявлення випадків зараження новим варіантом SARS-CoV-2.

- Слід продовжувати закликати населення вживати профілактичних заходів, зокрема уникати поїздок і зустрічей, якщо це не є вкрай необхідним.

- Слід продовжувати епідеміологічний моніторинг щодо раптових змін швидкості передачі інфекції або тяжкості перебігу захворювання.

- Про виявлення нового варіанту, а також про інші нові варіанти, які можуть викликати занепокоєння, слід повідомляти через Систему раннього попередження та реагування Європейського Союзу.

- Слід відстежувати повідомлення про підозру на повторне зараження SARS-CoV-2 і секвенувати виділені ізоляти.

- Слід продовжувати облік випадків неефективного лікування плазмою реконвалесцентів або моноклональними антитілами і відстежувати раптові зміни швидкості передачі інфекції.

- За вакцинованими людьми слід уважно спостерігати на предмет неефективності вакцинації. У разі постановки діагнозу рекомендується провести секвенування ізолятів та аналіз щодо виявлення мутантів, які визначають стійкість до вакцинації.

У цьому документі ECDC також дає рекомендації для національних лабораторій, які проводять дослідження для цілей громадського здоров'я.

Користуючись цією сторінкою МП Ви погоджуєтесь використовувати файли cookie відповідно до Ваших поточних налаштувань браузера, а також згідно з нашою політикою щодо файлів cookie