Збільшення кількості випадків інфікування новим варіантом SARS-CoV-2 у Великобританії. Інформація ECDC

У Великобританії за допомогою методів секвенування був ідентифікований новий варіант SARS-CoV-2, який має множинні мутації спайк-білків ("шипів", за допомогою яких вірус прикріплюється до клітини). Він був ідентифікований як SARS-CoV-2 VUI 202012/01 (Variant Under Investigation, 2020 рік, місяць 12, варіант 01). Початковий аналіз вказує на те, що він передається легше, ніж варіанти, які досі циркулювали.

За останні кілька тижнів у Великобританії спостерігається різке зростання числа випадків захворювань COVID-19. Це стало приводом для пошуку епідеміологічних або вірусологічних причин. На основі генетичних досліджень було виявлено поодинокий кластер заражень новим варіантом вірусу. У Великобританії систематично виконують секвенування у 5–10 % випадків COVID-19. До 13 грудня 2020 року було виявлено 1108 осіб, інфікованих новим варіантом, а перший зареєстрований випадок датований 20 вересня 2020 року. Більшість інфекцій було виявлено в графстві Кент і Південно-Східній Англії (включаючи Лондон і схід Англії), але окремі випадки були виявлені теж в інших регіонах Великобританії, а також в інших країнах (Данія, Нідерланди, Австралія, Бельгія). Однак в більшості країн ЄС/ЄЕЗ секвенування вірусу проводиться рідше, ніж у Великобританії, тому не можна виключити, що він також зустрічається частіше за межами Великобританії.

Філогенетичний аналіз показав, що існує всього кілька проміжних форм між новим варіантом SARS-CoV-2 і іншими циркулюючими варіантами з бази GISAID. Незвично велика кількість мутацій в білках-шипах, що знаходяться  в вірусній оболонці, а також інші геномні властивості нового варіанту вірусу дозволяють припустити, що він не виник в результаті поступового накопичення мутацій в Великобританії. Також малоймовірно, що він виник в результаті селективного тиску з боку триваючих програм вакцинації, оскільки збільшення, яке спостерігається, не відповідає графіку проведення таких заходів. Одне з можливих пояснень появи цього варіанту — персистуюча інфекція, спричинена SARS-CoV-2, в окремого пацієнта, ймовірно з ослабленим імунітетом. Така тривала інфекція може призвести до накопичення мутацій, що виникають в результаті того, що вірус уникає натиску ослабленої імунної системи. Інше можливе пояснення може полягати в адаптаційних процесах вірусу, який перебуває у різних сприйнятливих до інфекції видів тварин, а потім передається назад людям від тварин-господарів. Це призвело до появи варіантів вірусу з множинними мутаціями спайкового білка в Данії та Нідерландах, де норка була твариною-господарем. Однак для варіанту, ідентифікованого в Великобританії, і ECDC, і регіональне бюро ВООЗ підтверджують відсутність епідеміологічних даних, що вказують на таку причину. Також можливо, що новий варіант поширювався в країнах, де секвенування геному SARS-CoV-2 або не проводиться, або проводиться рідко. Однак ця гіпотеза малоймовірна. Про це свідчать наступні факти:

1. випадкові мутації вірусу не пояснюють надзвичайно високий відсоток мутацій шипів,

2. відсутність виявлення проміжних варіантів під час накопичення мутацій, яке в природних умовах має тривати близько 10 місяців згідно з молекулярним годинником,

3. моделі міжнародних поїздок також не підтверджують цього. Варіант вірусу з однією з мутацій, підтверджених в SARS-CoV-2 VUI 202012/01 (мутація N501Y спайкового білка), був виявлений в Південній Африці в жовтні 2020 року, проте еволюційно ці віруси не мають близької спорідненості.

Деякі з виявлених мутацій пов'язані з місцем зв'язування рецептора та іншими поверхневими структурами, які можуть змінювати антигенні властивості вірусу. З огляду на велику кількість і локалізацію мутацій спайкових білків цілком ймовірно, що може статися деяке зниження нейтралізуючого ефекту антитіл, але поки докази цього відсутні. Також немає свідчень того, що виявлені мутації в цих структурах вплинули на більшу кількість реінфекцій або зниження ефективності вакцини. До теперішнього часу зниження рівня нейтралізації антитілами в сироватці реконвалесцентів виявлено при широкому діапазоні варіантів мутацій з невідомим клінічним значенням. У новому варіанті SARS-CoV-2 також була виявлена ​​делеція 69–70, яка унеможливлює виявлення послідовності для гена S під час дослідження ЗТ-ПЛР (хибно-негативний результат). Однак через високу варіабельність цієї ділянки визначення гена S у даний час дуже рідко використовується при діагностиці інфекції, спричиненої SARS-CoV-2 (а навіть не рекомендується).

Невідомо, чи вплине поява нового варіанту на збільшення частоти реінфекцій або ефективність вакцинації. Для нового варіанту немає жодних фенотипових даних, а також немає даних про здатність антитіл, індукованих розробленими вакцинами, нейтралізувати цей варіант. Новий варіант вірусу демонструє кілька мутацій в спайковому білку, в тому числі в місці зв'язування рецептора. Більшість нових вакцин-кандидатів базуються на послідовності спайкового білка, тому важливо відстежувати зміни в циркулюючих штамах SARS-CoV-2 і оцінювати потенційні антигенні зміни щодо зниження ефективності вакцинацій. Дослідження антигенної характеристики нового варіанту продовжується, і результати очікуються в найближчі тижні. Буде важливо відстежувати регіональну ефективність вакцин проти COVID-19, включаючи детальні оцінки для окремих варіантів вірусу. Нагляд за неефективністю вакцинацій у кореляції з епідеміологічними даними про циркуляцію варіанту вірусу в даній популяції також може допомогти зрозуміти, чи впливає це на ефективність вакцини.

З огляду на те, що в даний час немає доказів того, що новий варіант вірусу значно поширений і що його зустрічальність обмежена кількома країнами або регіонами, своєчасні заходи щодо запобігання і контролю поширення варіанта SARS CoV-2 VUI 202012/01 повинні віддзеркалювати ті ефективні дії, які були зроблені на ранньому етапі епідемії, включаючи відмову від менш значущих поїздок у райони і з районів, охоплених захворюванням, а також збільшення кількості виконуваних тестів, відстеження контактів та ізоляцію підтверджених, епідеміологічно пов'язаних випадків. Також рекомендується, якщо це можливо, здійснювати секвенування ізолятів вірусу у випадках виявлення інфекції.

ECDC у співпраці з країнами-членами ЄС/ЄЕЗ продовжить моніторинг і інформуватиме про території, уражені новим варіантом SARS-CoV-2.

Генетична еволюція SARS-CoV-2 може вплинути на його антигенні властивості, здатність до передачі або вірулентність. Тому ECDC підкреслює важливість моніторингу змін у вірусному геномі, який здійснюють шляхом секвенування ізолятів вірусу, і проведення оцінки того, наскільки необхідно, щоб держави-члени ЄС / ЄЕЗ адаптували свою реакцію до виявлених змін, особливо в аспекті сфери громадського здоров'я.

Окремі рекомендації ECDC для національних установ громадського здоров'я

- Слід негайно ідентифікувати осіб, які мають епідеміологічний зв'язок з інфікованими новим варіантом SARS-CoV-2 або відвідали райони, в яких, як відомо, зустрічаються інфекції, спричинені таким варіантом, з метою їх ізоляції та відстеження контактів. Мета полягає в тому, щоб зупинити поширення нового варіанту SARS-CoV-2. Виявлений генетичний матеріал вірусу необхідно секвенувати для виявлення випадків зараження новим варіантом SARS-CoV-2.

- Слід продовжувати закликати населення вживати профілактичних заходів, зокрема уникати поїздок і зустрічей, якщо це не є вкрай необхідним.

- Слід продовжувати епідеміологічний моніторинг щодо раптових змін швидкості передачі інфекції або тяжкості перебігу захворювання.

- Про виявлення нового варіанту, а також про інші нові варіанти, які можуть викликати занепокоєння, слід повідомляти через Систему раннього попередження та реагування Європейського Союзу.

- Слід відстежувати повідомлення про підозру на повторне зараження SARS-CoV-2 і секвенувати виділені ізоляти.

- Слід продовжувати облік випадків неефективного лікування плазмою реконвалесцентів або моноклональними антитілами і відстежувати раптові зміни швидкості передачі інфекції.

- За вакцинованими людьми слід уважно спостерігати на предмет неефективності вакцинації. У разі постановки діагнозу рекомендується провести секвенування ізолятів та аналіз щодо виявлення мутантів, які визначають стійкість до вакцинації.

У цьому документі ECDC також дає рекомендації для національних лабораторій, які проводять дослідження для цілей громадського здоров'я.