МР рідко застосовують для діагностики захворювань органів дихання. Не має відповідної діагностичної достовірності при обстеженні пневматизованої паренхіми легень (напр., при діагностиці емфіземи, бронхоектазів, дифузних змін), натомість може мати переваги над КТ при оцінці локального прогресування змін у вузлах середостіння (особливо заднього) та інфільтрації перикарду чи грудної стінки (напр., пухлина Панкоста). МР використовують для оцінки лімфатичних вузлів середостіння, особливо при пухлинах системи крові, при яких, окрім оцінки поширення змін, можна детальніше, ніж при КТ, оцінити активність змін в уражених лімфатичних вузлах.