Мікробіологічні дослідження

Отримання правильного результату мікробіологічного дослідження, тобто ідентифікація відповідного збудника або збудників інфекцій травного тракту, значною мірою залежить від того, наскільки правильно проведено забір матеріалу для дослідження, від відповідного зберігання та транспортування зразка. Помилки на цих етапах можуть унеможливити викриття мікроорганізмів, відповідальних за інфекцію, та призвести до невідповідного лікування.

Біологічні матеріали та методики, найчастіше використовувані у мікробіологічній діагностиці захворювань травної системи — табл. ІІІ.В.7-1. Слід пам’ятати про використання методів молекулярної біології, які виконуються у спеціалізованих лабораторіях та все частіше застосовуються у мікробіологічній діагностиці. Ці методи, в основному, застосовуються для ідентифікації мікроорганізмів, які погано або повільно ростуть, та для верифікації результатів серологічних досліджень. У багатьох лабораторіях використовуються методи ПЛР, у тому числі за допомогою комерційних наборів, котрі слугують для швидкої ідентифікації щоразу більшої кількості патогенів травного тракту. Такі технології як ЗТ-ПЛР, триплекс-ПЛР та мультиплексна ПЛР (multiplex PCR), як правило, використовуються у високоспеціалізованих лабораторіях.

принципи забору матеріалувгору

Загальні принципи забору біологічних матеріалів стосуються правильного часу забору, кількості отриманих зразків, місця забору та об’єму забраного матеріалу.

Забір матеріалу для мікроскопічного дослідження слід проводити перед початком антибіотикотерапії, оскільки вона може значною мірою утруднити або унеможливити викриття етіологічного фактора. При можливості забір зразка біологічного матеріалу слід провести перед наступною дозою антибіотику. Контрольний зразок матеріалу забирають через 3–5 днів після закінчення лікування.

Забір матеріалу для мікробіологічного дослідження слід проводити з місця, ураженого запальним процесом, у гострій фазі клінічних симптомів. Усі зразки слід трактувати як інфікований матеріал, дотримуючись загально прийнятих принципів безпеки. Матеріал слід відсилати до лабораторії у , у маркованому, забезпеченому перед знищенням контейнері, з описом, що містить ім’я та прізвище пацієнта, дату та годину забору зразка та вид матеріалу.

Кал для бактеріологічного та мікологічного дослідження

Перед забором матеріалу слід продезинфікувати руки та одягнути медичні рукавички. Із щойно видаленого калу забирають грудку калу розміром як лісовий горіх, або 2–3 мл рідкого калу до чистого та сухого, найкраще стерильного контейнера за допомогою шпателя, прикріпленого до його кришки.

Зразок свіжого калу можна використати для прямого мікробіологічного посіву, швидких діагностичних тестів (із використанням імуноферментних методів), молекулярних методів (напр. ПЛР).

Для верифікації антигенів H. Pylori та токсинів C. Difficile найбільшу діагностичну цінність має зразок свіжого калу, доставлений до лабораторії негайно або протягом 2 год після забору. Якщо це неможливо, то після забору зразок калу можна зберігати при температурі 4°C (у холодильнику) до наступного дня.

Мазок із анального отвору для бактеріологічного посіву

Виконується лише тоді, коли не вдається отримати зразок калу. Винятком є зразки від осіб із симптомами дизентерійної (палички Shigella, ентероінвазивні штами E. Coli EIEC) або дизентерієподібної (палички Campylobacter) діареї. У цих випадках мазок із анального отвору є діагностично цінним, оскільки ці мікроорганізми свою інвазивність виявляють у товстому кишківнику.

При підозрі на інфекцію С. Difficile мазку з анального отвору недостатньо для виявлення токсинів.

1. Забір матеріалу

Перед забором матеріалу від пацієнта слід продезинфікувати руки та одягнути медичні рукавички. Кінець стерильного тампону слід ввести за зовнішній сфінктер відхідника (2–4 см) та, багаторазово обертаючи, провести забір матеріалу на відповідне транспортне середовище, далі тампон із забраним зразком калу занурити у транспортному середовищі та щільно закрити пробірку. При гострих діареях зразок слід забрати найпізніше до 3-го дня хвороби. При рецидивах забір зразків слід проводити у період загострення симптомів захворювання. Ранній забір зразку калу має особливе значення при підозрі на інфекції, викликані паличкою Campylobacter, ентерогеморагічними штамами E. coli (EHEC) або іншими штамами E. Coli, продукуючими токсин  Shiga (веротоксин), та паличками Shigella, оскільки кількість паличок протягом наступних днів захворювання стрімко зменшується. 

У Польщі при підозрі на захворювання, викликане небезпечними мікроорганізмами (такими як черевний тиф, паратиф, дизентерія, єрсиніоз, холера, кампілобактеріоз та сальмонельоз) обов’язковою є реєстрація виявленого збудника інфекційного захворювання керівником лабораторії та сповіщення до РСЕС.

2. Зберігання та транспортування зразка

Свіжо забраний кал або мазок із анального отвору слід негайно доставити до мікробіологічної лабораторії. При неможливості доставити зразок негайно або протягом 2 год, його слід помістити у транспортне середовище та зберігати при температурі 4°C (у холодильнику) протягом макс. 72 год. При підозрі на холеру для транспортування використовують пробірку із лужною пептонною водою. Зразки слід транспортувати при кімнатній температурі.

У період зберігання та транспортування зразки мають бути забезпечені від ушкодження та коливань температури; також слід запевнити безпеку особі, яка транспортує біологічний матеріал.

Кал для паразитологічного дослідження

1. Забір матеріалу

Для дослідження на наявність гельмінтів слід провести забір свіжого калу (із різних місць) і помістити його до чистого та сухого пластикового контейнеру із щільно прилягаючою кришкою. Необхідно отримати 3 зразки (грудки розміром як волоський горіх або 1–2 мл рідкого калу) з інтервалами у 3–4 дні (яйця, цисти та личинки паразитів можуть з’являтися періодично). Іноді забір зразків виконують після використання проносного препарату, у цьому випадку кал слід зібрати до кількох пронумерованих контейнерів. При підозрі на амебіаз або жіардіаз слід забрати до 6-ти зразків калу протягом наступних днів і забезпечити їх у відповідному фіксаторі, рекомендованому лабораторією.

2. Зберігання та транспортування зразків

Забраний кал найкраще негайно (в день забору, макс. до 2 год) доставити для дослідження, оскільки у неправильно забезпеченому матеріалі можуть відбутися незворотні зміни морфології паразитів, що утруднить їх ідентифікацію. У деяких випадках зразки слід перемістити до контейнера з консервантом або до відповідного транспортного середовища та зберігати при температурі 4°C (у холодильнику). Багато ліків (особливо сполуки барію, вісмуту, магнію, рицинова олія та антибіотики) можуть ускладнити ідентифікацію паразита, тому на скеруванні на дослідження слід зазначити, які ліки приймає пацієнт. Зразків калу не можна заморожувати та розморожувати.

Кал для вірусологічних досліджень

Забір свіжого калу (грудка або 1 мл рідкого калу) для вірусологічного дослідження слід виконати у період гострих клінічних симптомів, зразок поміщають до стерильного контейнера зі щільною кришкою, без консервантів. Матеріал до часу дослідження слід зберігати у холодильнику при температурі 4°C і транспортувати при температурі 2–4°C. Якщо зразок калу для дослідження на аденовіруси, ротавіруси та норовіруси не можна доставити протягом 6 год після забору, то зразок слід заморозити до температури - 20°C. Цільна кров для дослідження на віруси гепатитів та цитомегаловіруса (ЦМВ) повинна бути доставлена найпізніше протягом відповідно 3 і 6 год після забору. Цільну кров транспортують при температурі 2–25°C, сироватку зберігають при температурі до макс. 8°C протягом макс. 24 год (після цього періоду зразок вимагає замороження до -20°C).

Перитонеальна рідина

1. Забір матеріалу

Перитонеальну рідину об’ємом 10–15 мл отримують за допомогою шприца, поміщають до стерильного контейнера з кришкою. При підозрі на інфекцію, викликану анаеробами, отриману рідину (5–10 мл) за допомогою шприца поміщають до транспортного середовища для анаеробів (пляшки для посіву крові). Не слід проводити забору зразків на сухі тампони. Зразки об’ємом <1 мл для виявлення етіологічного фактору непридатні.

Для діагностики грибкової інфекції при можливості слід провести забір рідини об’ємом 5–10 мл, помістити її до стерильного контейнера на закрутку та негайно доставити до лабораторії. Зразки об’ємом <1 мл не придатні для оцінки етіологічного фактора.

2. Зберігання та транспортування

Рідину для діагностики бактеріальної інфекції зберігають при 37°C (інкубатор) та транспортують до лабораторії при кімнатній температурі (транспорт не повинен тривати довше ніж 15 хв); а рідину для діагностики грибкових інфекцій можна зберігати при темп. 4°C (у холодильнику) або заморозити.