Діагноз бактеріальний езофагіт встановлюють рідко. В основному асоціюється з гранулоцитопенією та застосуванням ЛЗ, які пригнічують виділення шлункового соку. Найчастіше спостерігається в осіб, які проходять лікування з приводу раку. Зазвичай спричиняють декілька збудників, такі як Staphylococcus aureus, S. epidermidis, Streptococcus viridans та палички з роду Bacillus.
Клінічна картина та діагностика: спостерігається біль та труднощі під час ковтання, біль за грудиною, часом гарячка. При ендоскопії виявляють крихку слизову оболонку, псевдомембрани та виразки. Забрані біоптати найкраще фарбувати методом Грама.
Лікування: полягає у застосуванні антибіотику широкого спектру дії з групи β-лактамів, часто у комбінації з аміноглікозидами.