Різноманітні і залежать від етіології (найчастіше пухлини), характеру надміру або дефіциту гормонів, періоду життя, в який почалось захворювання і від тривалості та поширення патологічного процесу.
Можна виділити 4 групи симптомів гіпоталамо-гіпофізарної системи:
1) симптоми надміру гормону (гормонів), які виділяє пухлина (розд. IV.A.5) – характерні клінічні синдроми, т.зв. вуличні діагнози, напр., акромегалія (надлишок GH), хвороба Кушинга (надлишок АКТГ)
2) симптоми компресії навколишніх тканини пухлиною – вегетативні симптоми, такі як підвищений або знижений апетит (ожиріння або кахексія), розлади відчуття спраги (зневоднення, загрозливі для життя при супутньому нецукровому діабеті, порушення сну і активності (безсоння, сонливість, пароксизмальний і періодичний сон), порушення терморегуляції (гіпотермія, субфебрилітет або лихоманка); симптоми компресії пухлиною також включають головний біль і порушення зору (геміамбліопія [двобічна])
3) симптоми випадіння - недостатність передньої частки гіпофіза, (гіпопітуїтаризм) клінічно проявляється вторинниою недостатністю периферичних ендокринних залоз (розд. IV.A.4) внаслідок руйнування пухлиною гіпоталамічних центрів або ніжки (особливо при вторинному гіпопітуїтаризмі) чи внаслідок руйнування інших, ніж пухлинні, клітин гіпофіза (первинний гіпопітуїтаризм – розд. IV.A.4); стиснення або руйнування ніжки часто супроводжується гіперпролактинемією внаслідок порушення надходження допаміну (пролактостатину) до передньої долі гіпофіза
4) нецукровий діабет (розд. IV.A.3.3.1) - порушення синтезу, транспортування або секреції вазопресину в результаті пошкодження шляху: супраорбітальні гіпоталамічні ядра-лійка-задня доля гіпофіза.