У результаті хірургічного лікування або променевої терапії пухлин ЦНС може виникнути ятрогенне пошкодження гіпоталамусу та гіпопітуїтаризм. Найчастіше сама пухлина призводить до незворотнього пошкодження гіпоталамуса. Іноді розмір пухлини та її інвазивність є причиною погіршення гормональної функції або посилення порушень зору при спробах радикальної резекції пухлини. Променева терапія ембріом, неоперабельних пухлин або рецидивуючих пухлин гіпоталамуса вимагає надзвичайно точного підбору дози опромінення та ідеальної концентрації пучка в пухлині. Вторинна гіпофізарна недостатність не вважається ускладненням, а природним наслідком цього виду лікування. В даний час променеве ураження перехресту зорових нервів та некроз мозку є рідкістю, завдяки розвитку конформальної та стереотактичної променевої терапії.