Полімеразна ланцюгова реакція

Полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР) — це якісний, вузько скерований метод оцінки відомих генних мутацій. Вона полягає у селективній ампліфікації in vitro фрагмента ДНК, вибраного олігонуклеотидними праймерами, які використовуються в реакції. Ці праймери є комплементарними до протилежного ланцюга тієї ж молекули ДНК, а відстань між ними визначає величину ампліфікованого фрагменту. Зазвичай вона не перевищує кілька тисяч пар нуклеотидів. Аналіз мінісателітних або мікросателітних локусів, який є індивідуальною ознакою поліморфізму, (VNTR [variable number tandem repeats] — змінне число тандемних повторів, STR [short tandem repeats] — короткі тандемні повтори; це послідовності ДНК, які складаються з повторюваних від кількох до кількадесятьох разів ділянок, що складаються з 2–4 [STR] або більшої кількості нуклеотидів [VNTR], які характеризуються індивідуальною варіабельністю, що полягає у наявності алелі з різною кількістю повторень), або поліморфізму поодиноких нуклеотидів (SNP [single nucleotide polymorphism] — генетичні варіанти послідовності, що зустрічаються у популяції, та характеризуються різницею лише одного нуклеотиду) дозволяє напр., оцінити післятрансплантаційний хімеризм (після алоТГСК, розд. VI.L). При пухлинах, які походять з лімфопоетичної лінії, ПЛР (часом доповнена секвенуванням ДНК) також використовують для ідентифікації індивідуальних, специфічних для кожного пацієнта реаранжацій генів імуноглобулінів та ТКР (Т-клітинний рецептор), наявних у клоні пухлинних клітин.

ЗТ-ПЛР (ПЛР зі зворотною транскрипцією) є рутинно застосовуваним в онкогематології різновидом ПЛР, який використовується для дослідження експресії генів за допомогою оцінки їх специфічної інформаційної РНК (мРНК, транскрипт). При аналізі пухлин кровотворної системи використовується, в основному, для виявлення наявності злиття та інших генних реаранжацій (рис. VI.C.8-2). Це якісний чутливий метод, який дає позитивний результат вже при наявності 1 патологічної клітини серед мільйона нормальних.

ПЛР-РЧ (ПЛР у реальному часі) — це кількісний метод, що служить для вимірювання кількості специфічного для пухлини транскрипту (напр. химерного гену BCR-ABL1) при діагностиці захворювання та для спостереження її змін під час лікування. Разом з класичною цитогенетикою, ПЛР-РЧ є еталонним методом моніторингу лікування, напр., при ХМЛ (розд. VI.F.2).