Інші методи генетичних досліджень

1. Генетичні мікроматриці (genetic microarrays)

Метод дозволяє — за рахунок гібридизації молекулярних зонд розташованих на мікроматрицях (платформах) — одночасно оцінювати мутації (мікроматриці ДНК) або зміни експресії (мікроматриці РНК, експресивні мікроматриці) сотень вибраних генів або цілого геному.

2. Мікроматриці ПГГ (матриці порівняльної гібридизації генів — мПГГ)

Становлять поєднання 2-х методів — ПГГ (порівняльної гібридизації генів) та мікроматриці ДНК. Завдяки одночасній конкурентній гібридизації досліджуваної та еталонної ДНК до олігонуклеотидних молекулярних зондів, які відповідають наступним хромосомним локусам, отримується дуже точна (з точністю до ≈100 000 пар основ [100 кбіт]) оцінка дефектів та доповнень генетичного матеріалу у конкретно визначеній хромосомній локалізації. На даний час методи мікроматриць застосовуються в онкогематології, в основному, при наукових дослідженнях, але ймовірно найближчим часом вони будуть включені у панель рутинних діагностичних досліджень, особливо при захворюваннях, при яких часто зустрічаються незбалансовані аберації (мієлодиспластичний синдром, вторинний гострий мієлобластний лейкоз [ГМЛ] тощо). З огляду на те, що мПГГ заснований на кількісній конкуренції при гібридизації досліджуваної та контрольної ДНК, цей метод не дозволяє оцінювати збалансовані аберації, які переважають серед первинних аберацій при лейкозах de novo. 

3. Секвенування ДНК

Це метод аналізу — нуклеотид після нуклеотиду — генетичної інформації з метою виявлення специфічних патогенних мутацій. Традиційне секвенування (методом Сенгера) дозволяє аналізувати вибрані гени, їх фрагменти або інші обмежені фрагменти геному.

Секвенування нового покоління (next generation sequencing — СНП), називане по іншому високопропускним секвенуванням (high-throughput sequencing — HTS), дає можливість ефективного та економічно вигідного аналізу:

1) цілого геному (whole genome sequencing — WGS)

2) екзому, тобто суми всіх екзонів, які становлять лише ≈1,5 % цілого геному, але є місцем виникнення більшості патогенних мутацій (whole exome sequencing — WES)

3) вибраної панелі генів пов’язаних з даною патологією (напр. панель кількох десятків генів, мутації яких мають значення при діагностиці та прогнозі при мієлопроліферативних пухлинах).

На даний час СНП є доступне в онкогематології лише в рамках наукових досліджень, однак можна очікувати, що буде найближчим часом введене у рутинну діагностику, оскільки молекулярна основа багатьох пухлин кровотворної системи виявилася набагато складнішою, ніж донедавна вважалося. В основі та еволюції будь-якої пухлини беруть участь багато генів, зміни яких можуть мати значення при уточненні діагнозу, встановленні прогнозу та підбору цільового лікування. Аналіз кожної з цих змін окремо за допомогою окремих специфічних тестів (single gene assays) є дуже трудомістким та забирає багато часу, хоча специфічний, чутливий та ймовірно найкращий для пізнішого моніторингу пацієнта. При підозрі на будь-яке захворювання потрібно би було виконати 15–20 тестів для конкретних генів, які можуть мати значення в його патогенезі.

Для застосування СНП у щоденній практиці необхідними однак є повна стандартизація дослідження та скорочення витрат, особливо на апаратуру. З цієї причини це дослідження є і, ймовірно, буде найближчим часом доступне лише у великих спеціалізованих центрах, що зможуть виконувати дослідження для цілих регіонів або країн. Крім цього для інтерпретації результатів СНП необхідний поєднаний біоінформаційний та біологічний аналіз.

4. Крапельна цифрова ПЛР (кцПЛР)

Є дуже специфічним кількісним методом дослідження ДНК, при якому реакція ампліфікації проводиться на розділеній на дрібні краплинки емульгованій реакційній суміші. У кожній краплі знаходиться молекула ДНК, яка підлягає індивідуальній ампліфікації. Можливо найближчим часом замінить ПЛР-РЧ, тому що є більш чутливою та ефективною. Однак вимагає повної стандартизації для досліджень в онкогематології.