Діагностика вірусних інфекцій

Забір та вид матеріалу

1. Час забору: забір матеріалу проводіть в гострому періоді інфекції, а у випадку серологічних досліджень після 2–4 тиж. (з метою виявлення динаміки змін концентрації антитіл).

2. Вид, метод забору і транспортування матеріалу: залежить від клінічної форми інфекції, етіологічного фактора і використаного діагностичного методу →табл. 28.2-1 і нижче.

Таблиця 28.3-1. Вид та правила забору і транспортування клінічного матеріалу для вірусологічних досліджень
Локалізація інфекціїa		Матеріал, інструкція забору	Найбільш частий етіологічний фактор	Метод дослідження
ніс, глотка		змиви з носа (розчин Хенкса) або мазок з горла (зробіть забір зонд-тампоном на транспортну систему з розчином Хенкса), сироватка	аденовіруси, ентеровіруси, вірус грипу і парагрипу, кору	культивація, ІФА, виявлення антитіл
		мазок з носоглотки	SARS-CoV-2	ПЛР, виявлення антигенів
нижні дихальні шляхи		мазок з глотки — як вище	вірус грипу і парагрипу, риновіруси, РСВ	як вище
		змиви — хворий кількаразово полоще горло розчином Хенкса, сироватка
		БАЗ	SARS-CoV-2, ЦМВ	культивація, ПЛР, виявлення антигенів
шкіра, слизові оболонки
	пухирці, ерозії	вміст пухирів (у закритому капілярі), зішкріб (у пробірці), мазок з шийки матки, секрет піхви, кал, сироватка	HSV, VZV, ентеровіруси	препарат зішкробу, отриманий методом Tzancka, ІФА, культивація, ПЛР, виявлення антитіл
	висипання іншої морфології	зішкріб з екзантем	ентеровіруси, вірус кору, вірус краснухи, аденовіруси, парвовірус B19	культивація, виявлення антитіл, ПЛР
		мозок з горла (зробіть забір на середовище Хенкса), кал, сеча
		сироватка, кров
менінгіт, енцефаліт, запалення спинного мозку		Мазок з горла (зробіть забір зонд-тампоном на середовище Хенкса)	ентеровіруси	культивація, ПЛР, ІФА, виявлення антитіл в сироваці і лікворі
		кал, мазок з ануса (здійсни забір зонд-тампоном на середовище Хенкса)	ентеровіруси
		ліквор (1–3 мл у суху, стерильну пробірку)	HSV, VZV, вірус кліщового енцефаліту, арбовіруси, аденовіруси, вірус епідемічного паротиту, вірус кору, ентеровіруси
		сироватка
енцефаліт		біоптат головного мозку — на практиці виконується дослідження ліквору	арбовіруси, вірус сказу, герпесвіруси, JC вірус	мікроскопічне дослідження, ПЛР, ІФА
діарея, блювання		мазок з горла (1–3 мл у суху, стерильну пробірку),	аденовіруси	електронна мікроскопія, EIA, ELISA, LAT
		кал (набраний у стерильну, суху пробірку), може бути мазок з анусаб (вміщений в 2 мл 0,9 % NaCl)	аденовірус 40/41, норовірус, ротавіруси
гепатит		сироватка (5–10 мл крові, взятої натще у суху, стерильну пробірку з антикоагулянтом; не використовуйте ватні пробки, лігнін або корок)	HAV, HBV, HCV та інші	виявлення антитіл, виявлення антигенів (серологічні методи), ПЛР, ЗТ-ПЛР, гібридизація
		біоптат	HBV, HCV та інші	гістологічне дослідження та ІФА, ПЛР, ЗТ-ПЛР, гібридизація
кон'юнктивіт, кератит		мазок з кон'юктиви (зробіть забір зонд-тампоном на середовище Хенкса), зішкріб рогівки	аденовіруси, HSV, VZV	ІФА
міокардит		перикардіальна рідина, біоптат серцевого м'яза, кал, плазма	Coxsackie B	культивація, виявлення антитіл
геморагічні лихоманки		змиви з глотки бронхіальний секрет біоптат, сироватка	віруси геморагічних лихоманок	культивація, визначення антитіл, ПЛР
a При деяких системних інфекціях, які супроводжуються віремією, зробіть забір сечі (кір, краснуха, ЦМВ) або цільної крові (кір, ЦМВ) з метою культивації вірусу (кір) або виявлення його антигенів у лейкоцитах (напр., ЦМВ). З метою діагностики ВІЛ надішліть сироватку (EIA або ELISA, Western blot). б Альтернативно, коли не можна зібрати зразок калу. БАЗ – бронхоальвеолярні змиви, ЦМВ — цитомегаловірус, HAV — вірус гепатиту A, HBV — вірус гепатиту B, HCV — вірус гепатиту C, HSV — вірус простого герпесу, ІФА — метод імунофлюорисцентного дослідження, LAT — латекс-аглютинація, ПЛР – метод полімеразної ланцюгової реакції, РСВ — респіраторно-синцитіальний вірус, ЗТ-ПЛР — метод ланцюгової полімеразної реакції із зворотньою транскрипцією, VZV — вірус вітряної віспи та оперізуючого лишаю

Методи ідентифікації вірусів

1. Електронна мікроскопія: дозволяє безпосередньо виявляти частинки вірусу у взятому матеріалі (напр., кал); модифікацією методу дослідження, яка збільшує його чутливість, є імуномікроскопія. Доступна лише в обмеженій кількості лабораторій та у спеціалізованих центрах. Забір і транспортування матеріалу →нижче.

2. Культивування: дозволяє збільшити кількість та підтвердити присутність вірусів у взятому зразку (мазки беруть на транспортну систему із середовищем для культивації клітин [розчин Хенкса] або 0,9 % NaCl, рідина з пухирців на шкірі — у закритому капілярі, зразки тканин, зіскоби — у сухих пробірках, спинномозкову рідину, змиви, отримані з використанням розчину Хенкса, кал, цільна кров, взята з гепарином, сеча). Вірус розмножують у відповідних клітинних (тканинних) культурах або у курячих ембріонах (напр., вірус грипу), а потім ідентифікують на основі цитопатичного ефекту чи з використанням специфічних антитіл (→ виявлення антигену) або ж молекулярними методами. Забір матеріалу здійснюйте у чистий, стерильний резервуар без консервантів, який щільно закривається →табл. 28.2-1. Використання транспортних середовищ для культивації бактерій може зробити неможливим виділення вірусів. Зразки тканин помістіть у невелику кількість 0,9 % NaCl або розчину Хенкса. Пересилайте матеріал у лабораторію при темп. 2–4 °C; перед культивацією матеріал можна зберігати <12–24 год при темп. 4 °C. Якщо немає можливості транспортувати матеріал у лабораторію протягом 24 год, у деяких випадках його можна заморозити та транспортувати у лабораторію в умовах, які роблять неможливим розмороження (узгодьте таку тактику з персоналом лабораторії).

3. Серологічні методи: у клінічній практиці відіграють основну роль під час вірусологічної діагностики. Дозволяють виявляти антигени віруса в клінічному матеріалі та специфічні антитіла класів IgM та IgG у сироватці або підвищення їх титру (зазвичай ≥4-кратного) у т. зв. парних сироватках (в першому зразку, забір якого проведено у гострий період захворювання, та у другому — в період реконвалесценції, через 2–4 тиж.)

1) виявлення антитіл (конкурентний ІФА, ІФА, вестерн-блот, імунохроматографічний аналіз)

а) сироватка (1–2 мл) — без гемолізу, зробіть стерильний забір у щільно закриту пробірку; до 48 год від забору зберігайте та транспортуйте матеріал в умовах холоду (5 ±3 °С); якщо це неможливо → перешліть якнайшвидше при кімнатній темп. (21 ±4 °С). Якщо зразок буде зберігатись >48 год → заморозьте його; транспортуйте в умовах, які роблять неможливим розмороження.

б) цільна кров (≈5 мл) — зробіть забір «на згусток» у стерильну пробірку; пробірку потрібно транспортувати в лабораторію протягом 2 год від забору крові;

в) спинномозкова рідина (≈1 мл) — зробіть стерильний забір у щільно закриту пробірку; правила зберігання і транспортування → як у випадку сироватки (вище). Визначення специфічних антитіл у спинномозковій рідині завжди потрібно проводити паралельно з їх визначенням у сироватці, взятій в той сам час.

2) виявлення вірусних антигенів (імунофлюорисцентний метод, конкурентний ІФА, ІФА, латекс-аглютинація [LAT]):

1) мазок або змиви з носоглотки (з метою ідентифікації вірусів дихальної системи, кору і т. п.) — зробіть забір стерильним тампоном, зволоженим 0,9 % NaCl або розчином Хенкса, далі розмістіть тампон у щільно закритій стерильній пробірці з 1–1,5 мл розчину Хенкса. Кінчик тампону не може бути сухим. Матеріал доставте у лабораторію одразу після забору. У випадку ідентифікації вірусів дихальної системи матеріалом для дослідження також можуть бути приготовані і передані у лабораторію фіксовані ацетоном препарати для мікроскопії.

2) цільна кров — наберіть 6–10 мл у стерильну пробірку з антикоагулянтом та негайно відправте у лабораторію;

3) сеча — наберіть 10–50 мл у стерильний резервуар і відправте у лабораторію відразу після забору;

4) кал →табл. 28.2-1; зберігання і транспортування як при культивації;

5) біоптати тканин — одразу після отримання помістіть зразок тканини у стерильний скляний резервуар, поміж тампонами, зволоженими 0,9 % NaCl. Доставте якнайшвидше у лабораторію (<3 год від забору), до моменту транспортування зберігайте у холодильнику (8–12 °С).

4. Молекулярні методи (виявляють геном вірусу або його специфічні фрагменти): візьміть матеріал у стерильні щільно закриті пробірки або резервуари. Вид матеріалу:

1) цільна кров (≈3 мл) — зробіть забір з антикоагулянтом (найкраще ЕДТА, не використовуйте гепарин! — є неспецифічним інгібітором ПЛР); якщо зразок буде доставлений у лабораторію протягом 24 год, то може транспортуватись при кімнатній температурі (21 ±4 °C), якщо пізніше (до 5 днів), рекомендується зберігання і транспортування у холодильнику при темп. (5 ±3 °С).

2) спинномозкова рідина (1–2 мл) — після забору якнайшвидше доставте зразок у лабораторію, найкраще – у холодильнику при темп. (5 ±3 °С). Якщо його неможливо доставити в лабораторію протягом 24 год → заморозьте його; транспортування повинно відбуватись в умовах, котрі роблять неможливим розмороження.

3) сироватка (2–3 мл) — кров потрібно відцентрифугувати якнайшвидше після забору, а сироватку негайно відправити у лабораторію (→спинномозкова рідина). Якщо не можете доставити сироватку відразу після забору → дійте аналогічно, як із спинномозковою рідиною.

4) сеча (10–20 мл) — зробіть забір з першої струї >2 год після останнього сечовипускання (найкраще — зранку). Зразок доставте у лабораторію так швидко, наскільки це можливо (до кількох годин можна транспортувати при кімнатній темп., якщо довше → розмістіть при темп. 5 ±3 °С і доставте так швидко, як це можливо).

5) біоптати тканин (≥0,2 г) — зробіть забір у стерильні пробірки або у резервуар із стерильним 0,9 % NaCl; зберігання і транспортування →сеча. При необхідності пролонгованого зберігання →спинномозкова рідина.

6) бронхо-альвеолярні змиви (1–2 мл з БАЛ) — зберігання і транспортування →сироватка.