Nuevas variantes del SARS-CoV-2: ¿qué sabemos?

01.02.2021
Co wiadomo o nowych wariantach SARS-CoV-2?
Weronika Rymer (MD, PhD)

Siglas y abreviaturas: COVID-19 (coronavirus disease) — enfermedad por coronavirus 2019, ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control) — Centro Europeo para la Prevención y el Control de Enfermedades, NICE — National Institute for Health and Care Excellence (Reino Unido), OMS — Organización Mundial de la Salud, POTS (postural orthostatic tachycardia syndrome) — síndrome de taquicardia ortostática postural, SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) — coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo grave

¿Qué se sabe sobre las nuevas variantes del SARS-CoV-2?

Los virus se transforman incesantemente como resultado de nuevas mutaciones que desembocan en la aparición de variantes nuevas. (El cuadro presenta las diferencias entre mutación, variante y cepa). Algunas desaparecen rápidamente, pero otras se mantienen y desplazan a las que hasta entonces circulaban en el entorno. Desde el comienzo de la epidemia de COVID-19, se ha analizado y documentado la variabilidad del SARS-CoV-2. Además, casi desde el principio de la pandemia, la OMS ha recibido varios informes sobre acontecimientos atípicos en el área de la salud pública, asociados a la infección por SARS-CoV-2, que probablemente guardaban relación con la aparición de nuevas variantes del virus. En todos los casos, la OMS evalúa si la nueva variante del virus puede influir en su capacidad de transmisión, el cuadro clínico, el riesgo de infección grave y la efectividad de las medidas de prevención.1

Cuadro

En ocasiones, los términos "mutación", "variante" y "cepa" se usan indistintamente en la literatura. Sin embargo, poseen significados distintos. "Mutación" significa un cambio individual en el ARN del virus que provoca una modificación de la proteína codificada. Por ejemplo, una mutación D614C significa que en la posición 614 de la glucoproteína S, el ácido aspártico se ha cambiado por glicina. "Variante" hace referencia a genomas virales con secuencias distintas (pueden darse una o varias mutaciones). Por último, "cepa" implica diferencias fenotípicas. Una variante se denomina cepa cuando las diferencias fenotípicas, por ejemplo de infectividad, transmisibilidad, etc., son claramente visibles.8

Las variantes con mutaciones de la glucoproteína S, que forma espigas en la superficie del virus, lo cual le da un aspecto característico, han despertado especial interés. Estas espigas determinan el reconocimiento de las proteínas receptoras del virus ubicadas en la superficie celular y su penetración al interior de la célula. Entre enero y febrero de 2020, apareció una variante con la mutación D614G. Hasta junio de 2020, fue la variante dominante en todo el mundo. Se constató que solo se diferenciaba de la variante inicial del virus descubierta en China por su mayor infectividad y transmisibilidad en la población. No influía ni en la gravedad de la enfermedad ni en la eficacia del tratamiento o los métodos profilácticos.

Por otro lado, en Dinamarca se identificó una variante del SARS-CoV-2 que se extendió entre visones de granja y volvió a transmitirse de vuelta a los humanos. En abril de 2020, ya se habían detectado infecciones por SARS-CoV-2 en visones y trabajadores de criaderos en Holanda.7 A principios de noviembre, las autoridades danesas anunciaron 214 casos de infecciones en humanos por virus procedentes de visones con la mutación Y453F en la glucoproteína S. Dicha mutación facilita la adhesión del virus a las proteínas receptoras en las células de los visones. En 11 casos (el foco se denominó "Cluster-5") se observaron 3 mutaciones adicionales en la glucoproteína S (del69_70, I692V, M1229I). Los análisis iniciales de esta variante sugerían que podía estar ligado a una menor eficacia de los anticuerpos neutralizantes, lo que en teoría podría acortar el tiempo de protección inmunitaria tras la vacuna o la infección resuelta. Sin embargo, no se ha constatado la propagación de esta variante.1,7-8

El 14 de diciembre de 2020, el Reino Unido informó a la OMS sobre una variante del virus que se denominó SARS-CoV-2 VUI 202 012/01 (variant under investigation, año 2020, mes 12, variante 01). También se conoce como B.1.1.7. En el Reino Unido es habitual realizar una secuenciación del virus en un 5-10 % de los casos de COVID-19. En las últimas semanas, se ha registrado un aumento repentino de casos de COVID-19 en el sudeste de Inglaterra, lo que ha llevado a que se busquen las causas epidemiológicas o virológicas. Los análisis genéticos han permitido identificar un agrupamiento de infecciones causadas por la nueva variante del virus. El primer caso registrado se remonta al 20 de septiembre de 2020. A pesar de las restricciones implementadas, como la prohibición de viajar a otras regiones2, hasta el 26 de diciembre se detectaron infecciones por la nueva variante en otras zonas de Gran Bretaña. Asimismo, se ha constatado que la nueva cepa ha empezado a desplazar a las demás variantes del virus. También se ha detectado en otros países (a 30 de diciembre de 2020, estaba presente en 31 países/territorios/zonas).1,3 La variante nueva no está relacionada filogenéticamente con las variantes que circulaban por Gran Bretaña hasta el momento. Esta variante presenta numerosas mutaciones, principalmente de la glucoproteína S (deleción 69-70, deleción 144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), pero también en otras zonas del genoma viral. El análisis filogenético ha demostrado que solo hay unas cuantas formas intermedias entre la nueva variante del SARS-CoV-2 y las demás variantes descritas en la base de la Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID). El número extraordinariamente alto de mutaciones en las espigas de proteínas ubicadas en la envoltura vírica, así como otras propiedades del genoma de la nueva variante del virus, sugieren que no ha aparecido como resultado de una acumulación gradual de mutaciones del virus circulante en el Reino Unido. Además, es poco probable que se haya desarrollado como resultado de una presión selectiva causada por las vacunas que se están administrando, ya que el momento del incremento observado no se corresponde con los programas de vacunación. Una de las posibles explicaciones de la aparición de esta variante es que la infección por SARS-CoV-2 en un paciente inmunodeprimido se haya prolongado. Una infección prolongada puede generar una acumulación de mutaciones, que se van formando cada vez que el virus escapa de la presión del sistema inmune debilitado. También se contemplan otras hipótesis, pero parecen menos probables. Hasta ahora, no se ha observado que la infección por SARS-CoV-2 VUI 202012/01 provoque un cuadro clínico de COVID-19 distinto o aumente el riesgo de enfermedad grave o mortalidad. Tampoco hay pruebas de que los fármacos administrados —incluidos los anticuerpos neutralizantes— o las vacunas sean menos eficaces, pero se sigue investigando en este sentido. Por otro lado, la deleción 69-70 hace que la secuencia del gen S no se detecte en la prueba RT-PCR (resultado falso negativo). Sin embargo, debido a la alta variabilidad de esta área, en la actualidad es muy raro recurrir a la detección del gen S para diagnosticar la infección por SARS-CoV-2, por eso tampoco tiene mucha relevancia en la práctica diaria.3

El 18 de diciembre de 2020, las autoridades de Sudáfrica anunciaron oficialmente el descubrimiento de una nueva variante del virus (variante 501Y.V2), probablemente también con un mayor potencial de infectividad. El virus se identificó por primera vez en octubre de 2020. En noviembre se constató que había desplazado rápidamente al resto de variantes que circulaban por muchas regiones de Sudáfrica. Hasta el 30 de diciembre, la variante 501Y.V2 se había detectado en otros 4 países. Hasta el momento no se ha demostrado que esta infección esté ligada a un desarrollo distinto o más grave de la COVID-19. No obstante, se han observado con bastante más frecuencia altas concentraciones del virus en la secreción de las vías respiratorias, lo que probablemente se traduzca en un mayor potencial de infectividad.1 En el caso del SARS-CoV-2 VUI 202012/01, la causa del aumento de infectividad todavía no se conoce. Según una hipótesis, los cambios que se han producido en la glucoproteína S influyen en la interacción del virus con las células diana del huésped. Esto podría resultar en una reducción de la dosis infectiva necesaria para generar una infección efectiva.3,4

La aparición de nuevas variantes con una mayor capacidad de transmisión es un fenómeno muy relevante para la salud pública. En el caso del SARS-CoV-2 VUI 202 012/01 —la variante del Reino Unido—, se ha confirmado un aumento del número básico de reproducción (R0). Según las estimaciones de distintos modelos, su transmisibilidad puede ser hasta el 70 % mayor que la de los virus que hasta entonces circulaban por el Reino Unido. Esto tiene un impacto directo tanto en las tendencias epidemiológicas como en la carga del sistema sanitario y el aumento de la mortalidad.2 No parece que el virus en sí provoque una enfermedad más grave, pero al aumentar el número de personas infectadas, también incrementa el número de hospitalizaciones, y por lo tanto, la carga de la sanidad.1,3 Por ese motivo, la OMS y el Centro Europeo para la Prevención y el Control de Enfermedades (ECDC) recomiendan encarecidamente vigilar de cerca la situación epidemiológica en ciertos países y regiones y prestar especial atención a los incrementos repentinos en el número de infecciones, la ineficacia de las vacunas y las reinfecciones. Asimismo, hacen especial hincapié en identificar los casos en los que se sospeche una infección por variantes nuevas del virus SARS-CoV-2 e informar sobre ellos a la comunidad internacional para prevenir la propagación de las cepas potencialmente más peligrosas.1,3

La mutación N501, que se ha observado en ambas variantes nuevas del virus —la de Reino Unido y la de Sudáfrica—, ha despertado bastante interés y preocupación. Se trata de una mutación ubicada en un área que codifica el dominio que se adhiere a los receptores en la superficie de la célula, que también es el objetivo de los anticuerpos neutralizantes. Actualmente se está estudiando la efectividad de la neutralización del virus por parte de los anticuerpos de convalecientes y personas vacunadas. A su vez, esto permitirá evaluar la influencia de esta mutación en la eficacia de las vacunas.1

Recientemente han emergido más informes, esta vez en Nigeria, sobre la aparición de una nueva variante del SARS-CoV-2, pero hasta ahora no hay pruebas de que influya en la gravedad de la enfermedad o aumente el potencial de propagación del virus.5,6

Bibliografía:

1. World Health Organization: Emergencie spreparedness, response SARS-CoV-2 variants. https://www.who.int/csr/don/31-december-2020-sars-cov2-variants/en (consultado el 3 de enero de 2021)

2. Kirby T., New variant of SARS-CoV-2 in UK causes surge of COVID-19, Lancet Respir. Med., 2021. doi: https://doi.org/10.1016/S2213-2600(21)00 005-9 (consultado el 5 de enero de 2021)

3. European Centre for Disease Prevention and Control: Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein mutations observed in the United Kingdom – 20 December 2020. Stockholm, ECDC, 2020

4. Public Health England: COVID-19 (SARS-CoV-2): information about the new virus variant. https://www.gov.uk/government/news/covid-19-sars-cov-2-information-about-the-new-virus-variant (consultado el 4 de enero de 2021)

5. CDC: New COVID-19 variants. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/transmission/variant.html (consultado el 6 de enero de 2021)

6. WHO Regional Office for Africa: WHO urges greater surveillance as new COVID-19 variants emerge. https://www.afro.who.int/news/who-urges-greater-surveillance-new-covid-19-variants-emerge (consultado el 6 de enero de 2021)

7. European Centre for Disease Prevention and Control: Detection of new SARS-CoV-2 variants related to mink – 12 November 2020. Stockholm, ECDC, 2020

8. Lauring A.S., Hodcroft E.B., Genetic variants of SARS-CoV-2 – what do they mean?, JAMA, 2021. doi: 10.1001/jama.2020.27124
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