Оцінка ризику смерті у пацієнтів, інфікованих британським варіантом SARS-CoV-2 VOC-202012/1

Вступ

У жовтні 2020 року нова лінія SARS-CoV-2 (B.1.1.7) була ідентифікована у південно-східній Англії, а в середині грудня 2020 року Великобританія повідомила Всесвітню організацію охорони здоров’я про поширення на території країни нового варіанту вірусу VOC-202012/1 (т. зв. британський варіант SARS-CoV-2). [Що відомо про нові варіанти SARS-CoV-2?] В кінці грудня 2020 року Франція та інші європейські країни вирішили призупинити міжнародне повітряне, наземне і морське сполучення з Великобританією, щоб обмежити поширення нового варіанту вірусу в інші країни. Незважаючи на вжиті заходи обережності, новий варіант SARS-CoV-2 також був виявлений в інших країнах. З тих пір його поширеність зростає як в Європі, так і в США. Секвенування VOC-202012/1 дозволило ідентифікувати 14 генетичних мутацій, вісім з яких відбулися в гені, що кодує S-білок. Наявність цих мутацій може привести до полегшення проникнення вірусу в клітини, збільшення сили зв'язування S-білка з рецептором АПФ2 і уникання імунної відповіді. Вплив мутацій на заразливість, клінічну картину і рівень летальності у пацієнтів досі залишався маловивченим. Група дослідників із Великобританії провела аналіз, який дозволяє визначити, чи пов'язане зараження новим варіантом SARS-CoV-2 з вищим ризиком смерті в порівнянні з іншими варіантами вірусу.

Методи

За період, аналіз якого проводився, кількість випадків COVID-19 у Великобританії різко зросла, що, в свою чергу, призвело до перевантаження систем охорони здоров'я і могло вплинути на рівень летальності. З метою уникнення впливу конфаундерів, напр. пов'язаних з перевантаженням системи охорони здоров'я, в цьому дослідженні використовувалася відповідна вибірка для контрольної групи з урахуванням віку, статі, походження, місця проживання і тривалості госпіталізації. Критерії залучення в дослідження включали: вік старше 30 років і позитивний результат тесту на наявність COVID-19, виявлений в період з 1 жовтня 2020 року по 29 січня 2021 року. Дослідження проводилося в референс-лабораторіях Lighthouse. Тести ПЛР Thermo TaqPath в Великобританії показали тісну кореляцію між випадками VOC-202012/1, підтвердженими секвенуванням, і результатами ПЛР TaqPath, в яких не було виявлено фрагментів послідовності гена, що кодує S-білок, але були виявлені послідовності генів N і ORF1ab. Цей результат вважається негативним для гена S і тісно пов'язаний з зараженням новим варіантом SARS-CoV-2 в Великобританії. На підставі отриманих результатів ПЛР-тесту пацієнти були розділені на дві групи: з позитивним і негативним результатами наявності фрагментів послідовності гена, що кодує S-білок. Потім був проаналізований ризик смерті протягом 28 днів після отримання позитивного результату тесту на наявність SARS-CoV-2 в обох досліджуваних групах.

Результати

Було проаналізовано 54 906 підібраних пар пацієнтів із позитивним результатом тесту на наявність SARS-CoV-2 в період з 1 жовтня 2020 року по 29 січня 2021 року. Спостереження за пацієнтами проводилися до 12 лютого 2021 року. Групи відрізнялися лише виявленням фрагмента послідовності гена S-білка в дослідженні ПЛР TaqPath. За кожним пацієнтом велося спостереження впродовж не менше 14 днів з моменту отримання першого позитивного результату тесту на наявність SARS-CoV-2, а за більш ніж 85% пацієнтів спостерігали протягом 28 днів. Зі 109 812 учасників 367 померли протягом 28 днів спостереження (0,3%). Серед померлих пацієнтів середній вік був вищим, ніж серед інших осіб (66,9 vs 46,3 років), до того ж чоловіки становили вищий відсоток померлих. Серед 54 906 пацієнтів із негативними результатами для гена, що кодує S-білок, було 227 смертей, а в групі з 54 906 осіб з позитивними результатами для гена, що кодує S-білок — 141 летальний випадок (співвідношення ризиків 1,64, 95% ДІ від 1,32 до 2,04; p <0,001). Показник ризику смерті учасників в аналізованих групах відрізнявся через 14 днів. Співвідношення ризиків в перший період спостереження суттєво не збільшилось, в той час як з 15 по 28 день воно склало 2,40 (1,66 до 3,47). Проведений аналіз показав статистично значуще підвищення ризику смерті, пов'язаного із зараженням варіантом VOC-202012/1.

Обговорення

Інфікування новим варіантом SARS-CoV-2 VOC-202012/1 (визначене в дослідженні як негативний результат для гена, що кодує S-білок) асоціювалося з підвищеним ризиком смерті. Ризик смерті у цій групі пацієнтів був в 1,64 рази вище, ніж у інфікованих іншими варіантами вірусу, що циркулювали в той час у Великобританії. Абсолютний ризик смерті в цій групі пацієнтів залишався відносно низьким і становив від 2,5 до 4,1 летальних випадків на 1000 випадків захворювання. Поширення нового варіанту SARS-CoV-2 ускладнило контроль над пандемією COVID-19. Інші аналізи показують, що новий варіант характеризується також вищою заразливістю, а це означає, що також слід очікувати більшого загального числа випадків захворювань і летальних випадків з приводу COVID-19.