Вроджені вади стравоходу можуть проявлятися одразу після народження, в дитячому, а також дорослому віці. Серед новонароджених частота їх зустрічальності не перевищує 1 %. Ці захворювання зазвичай є причиною недоношеності та супроводжуються іншими вадами, такими як діафрагмальна грижа, атрезія ануса, дванадцятипалої кишки або кільцеподібна підшлункова залоза.