Otros métodos de pruebas genéticas

1. Chips de ADN (genetic microarrays)

El método permite —mediante la hibridación con sondas moleculares colocadas en micromatrices (plataformas)— evaluar simultáneamente mutaciones (chips de ADN) o cambios de expresión (chips de ARN, chips de expresión) de cientos de genes seleccionados o del genoma completo.

2. Chips de hibridación genómica comparada (array-comparative genome hybridisation — aCGH)

Constituyen una combinación de dos métodos: CGH (hibridación genómica comparativa) y chips de ADN. Por medio de una simultánea hibridación competitiva del ADN estudiado y de referencia, con el uso de sondas moleculares de oligonucleótidos correspondientes a loci cromosómicos consecutivos, se obtiene una evaluación muy precisa (precisión de ~100 000 pares de bases [100 kpb]) de pérdidas y ganancias del material genético con una localización cromosómica estrictamente definida. Actualmente, los métodos de micromatrices se utilizan en oncohematología, sobre todo en investigación científica, pero probablemente pronto se incluirán en el panel de pruebas de diagnóstico de rutina; especialmente en enfermedades con aberraciones no balanceadas frecuentes (síndrome mielodisplásico, leucemia mieloide aguda secundaria [LMA], etc.). Debido al hecho de que la aCGH se basa en la competencia cuantitativa en la hibridación del ADN estudiado y de control, este método no permite la evaluación de las aberraciones balanceadas, que prevalecen entre las aberraciones primarias en las leucemias de novo.

3. Secuenciación del ADN

Es un método de análisis —nucleótido a nucleótido— de la información genética para detectar mutaciones patogénicas específicas. La secuenciación tradicional (con el método de Sanger) permite analizar genes seleccionados, sus fragmentos u otros fragmentos limitados del genoma.

La secuenciación de próxima generación (next generation sequencing, NGS), también denominada secuenciación de alto rendimiento (high-throughput sequencing, HTS), permite un análisis eficiente y rentable de:

1) genoma completo (whole genome sequencing, WGS)

2) exoma, o sea, el conjunto de todos los exones, que equivale a tan solo ~1,5 % del genoma completo, pero es allí donde se produce la mayoría de las mutaciones patogénicas (whole exome sequencing, WES)

3) un panel genético seleccionado asociado con una patología dada (p. ej. un panel de varias docenas de genes cuyas mutaciones son importantes en el diagnóstico y el pronóstico de las neoplasias mieloproliferativas).

Actualmente, la NGS está disponible en oncohematología solo en el marco de la investigación científica, pero es de suponer que se introduzca en el diagnóstico de rutina en un futuro próximo, ya que la base molecular de muchas neoplasias del sistema hematopoyético ha resultado ser mucho más compleja de lo que se había pensado hasta hace poco. En la aparición y el desarrollo de cada neoplasia están implicados muchos genes, cuyos cambios pueden ser importantes para establecer el diagnóstico, determinar el pronóstico y seleccionar un tratamiento dirigido. El análisis de cada uno de estos cambios por separado mediante pruebas específicas individuales (single gene assays) consume mucho tiempo y trabajo, aunque es específico, sensible y probablemente óptimo para la observación posterior del paciente. Ante la sospecha de cada enfermedad, se deberían realizar 15-20 pruebas de genes individuales que pueden ser relevantes en su patogenia.

Sin embargo, para incluir la NGS en la práctica diaria, es necesaria la estandarización completa de la prueba y la reducción significativa del coste, en particular del equipo. Por esta razón, la prueba está disponible y probablemente lo estará en el futuro cercano solo en grandes centros especializados que pueden realizar estudios para regiones o países enteros. Además, para interpretar los resultados de las NGS, hay que llevar a cabo los análisis bioinformáticos y biológicos complejos.

4. PCR digital en gotas (droplet digital PCR, ddPCR)

Es un método de análisis de ADN cuantitativo muy específico, en el cual la reacción de amplificación se lleva a cabo en condiciones de una mezcla reactiva emulsionada fraccionada en pequeñas gotas. Cada gota contiene una molécula de ADN que se somete a la amplificación por separado.  Es posible que en el futuro cercano reemplace al método RQ-PCR, por ser más sensible y eficiente. No obstante, requiere todavía una estandarización completa para los estudios oncohematológicos.